Początkową nazwą Duszpasterstwa Akademickiego Petra była „Misja Studencka Petra”. Nazwa ta podkreślała wyraźnie misyjno-ewangelizacyjny charakter grupy.

Misja Studencka Petra rozpoczęła swoją działalność w roku 1995 w Olsztynie przy tamtejszym zborze Kościoła Zielonoświątkowego. Założycielem tej inicjatywy był Kazimierz Sosulski – wówczas zastępca prezbitera naczelnego KZ w Polsce, odpowiedzialny za sprawy nauczania i duszpasterstwa, obecnie prezbiter Okręgu Centralnego KZ oraz Krzysztof Matuszewski – wówczas lider ewangelizacyjnej grupy studenckiej z Olsztyna, następnie pastor zboru w Iławie i założyciel organizacji misyjnej „Generacja T”.

Pierwsze lata działalności Petry (1995 – 2001) były skoncentrowane głównie w Olsztynie i Warszawie. Liderem grupy w Olsztynie był Krzysztof Matuszewski, liderami grupy Petry w Warszawie byli Paweł Brandys oraz Rafał Żukowski, a następnie Jakub Hoły.

W latach 1998 – 2002 na spotkania studenckie Petry w Warszawie, organizowane najczęściej w formie nabożeństw, przychodziło 70 – 80 osób, poza tym w tych samych latach w Olsztynie i Gdańsku działały analogiczne, lecz nieco mniejsze liczebnie grupy. W tym okresie przy współpracy grup D.A. Petra w Warszawie i Gdańsku, organizowano obozy zimowe, narciarskie, wspólne wypady sylwestrowe, wyjazdy integracyjne do ośrodka w Olesinie.

W pierwszych latach działalności Misja Studencka, a następnie D.A. Petra, otrzymywała wsparcie finansowe ze strony organizacji „Students for Christ”, co umożliwiało organizację wyjazdów licznych grup studentów na międzynarodowe konferencje studenckie oraz obozy międzynarodowe.

W latach późniejszych organizowane były ogólnopolskie zjazdy-obozy Petry. Nauczaniem na tych zjazdach przez szereg lat (od 1997 do 2004 roku) zajmował się Krzysztof Wójcik, pastor zboru w Gdyni, oraz inni pastorzy z takich miast, jak Tczew, Gdańsk, Warszawa, Jelenia Góra.

D. A. Petra działa niezależnie jako jedna z agend Kościoła Zielonoświątkowego, w oparciu o osobowość prawną Kościoła oraz ustawę z 1997 r. regulującą stosunek Państwa do Kościoła Zielonoświątkowego w Polsce. Jednak od samego początku swojego istnienia Petra bardzo ściśle współpracowała z europejską organizacją zielonoświątkową „Students for Christ”, która była odpowiednikiem amerykańskiej organizacji „Chi Alpha”.

W latach 2001 – 2005 dyrektorami M.S. Petra w Polsce zostali Monika i Paweł Brandysowie. W roku 2002, wraz ze zmianą przywództwa Petry, nastąpiła też zmiana nazwy z „Misji Studenckiej Petra” na „Duszpasterstwo Akademickie Petra”. Było to spowodowane poszerzeniem zakresu działań organizacji. Wówczas działalność Petry poszerzyła się o inne miasta w Polsce. Monika i Paweł Brandysowie oraz Jakub Hoły pełnili jednocześnie funkcje liderów grupy Petra Warszawa.

W tym samym czasie rozpoczął się okres współpracy D.A. Petra z Duszpasterstwem Młodzieży Kościoła Zielonoświątkowego w Polsce. Stopniowo powstawały kolejne grupy Petry lub grupy współpracujące z D.A. Petra w innych miejscach w Polsce. Działalność ogólnopolska skupiała się głównie na motywowaniu młodzieży do podejmowania działań ewangelizacyjnych w czasie studiów oraz zrzeszania się w ramach grup D.A. Petra.

W 2005 r. z inicjatywy Duszpasterstwa Młodzieży powstała Rada Krajowa Młodzieży, zrzeszająca organizacje misyjne i agendy działające wśród młodzieży w ramach Kościoła Zielonoświątkowego. D.A Petra jest jej aktywnym członkiem: współpracuje w zakresie organizacji szkoleń i konferencji, misji krajowych i zagranicznych, szkoleń liderów grup młodzieżowych i studenckich.

W roku 2004 liderkami grupy Petra w Warszawie zostały Anna Zabłocka oraz Magdalena Czajko. Po okresie dynamicznego wzrostu i rozwoju w tym właśnie roku grupa doświadczyła spadku frekwencji. Ania i Magda przyczyniły się do odnowienia dynamiki spotkań i ponownego wzrostu liczebnego grupy. W sierpniu 2006 r. Magdalena Czajko wyjeżdża na misję. Wówczas do grona liderów dołączyli Szymon Kruba, Marek Kozioł i Ewa Łukowska.

Już dwa lata później, w 2008 r. warszawska grupa Petry jest największą i najbardziej dynamicznie rozwijającą się grupą ewangelikalnych studentów w stolicy. Tworzy własną wizję zgodną z ogólnokrajowym nurtem i zaczyna mieć realny wpływ na działalność pozostałych grup w kraju. Od września 2008 liderami grupy Petra-Warszawa są Anna Zabłocka i Szymon Kruba.

W czerwcu 2009 r. Paweł Brandys zrezygnował z funkcji Dyrektora krajowego D.A. Petra w związku z pełnieniem innej służby, a na tym stanowisku pozostała Monika Brandys. We wrześniu 2009 r. Szymon Kruba przyjął propozycję objęcia funkcji p.o. Dyrektora krajowego D.A. Petra, a w lutym 2010 r. został Dyrektorem krajowym.

Wizja D.A. Petra zamyka się w trzech kluczowych słowach: przyjaźń, pasja, powołanie. Największy nacisk położony jest na motywowanie studentów do zajmowania aktywnej i twórczej postawy, integrowania się i podejmowania innowacyjnych, kreatywnych działań, by swą postawą i aktywnością zachęcać polskich studentów do duchowej refleksji.

W różnym czasie grupy Petry w Polsce pojawiały się i zawieszały swoją działalność – najczęściej, kiedy osoba będąca liderem lub liderką danej grupy zakładała rodzinę, wyprowadzała się do innej miejscowości lub wyjeżdżała na misję. W okresie od 1998 r. do dziś grupy Petry działały w takich polskich miastach, jak: Gdańsk, Olsztyn, Szczecin, Wrocław, Poznań Warszawa, Białystok, Lublin, Bydgoszcz, Opole, Katowice, Gliwice i Kraków. Aktualnie aktywnie działają grupy D.A. Petra w Warszawie, Gdańsku, Lublinie i Gliwicach.